Способов запуска Р-12 было два: наземный и шахтный. Исторически первым был наземный старт. При нем ракета хранилась в хранилище без головной части, по тревоге ее подкатывали к пусковому устройству, называемому стартовым столом (индекс изделия - 8У217), производили стыковку головной части, затем поднимали в вертикальное положение, наводили на цель, и заправляли. Только после этого ракета была готова к пуску. Изначально время от подачи команды до старта могло занимать более трех часов. Впоследствии за счет различных нововведений оно было уменьшено, но все равно занимало более двух часов. Ситуацию несколько облегчало внедрение различных степеней готовности. В зависимости от международной обстановки по приказу главного командования к ракетам заранее могли присоединить головные части, ракеты могли поставить на стартовый стол и навести, начать заправку компонентов ракетного топлива (КРТ). Таким образом, время от подачи команды на старт до пуска еще более сокращалось. Были, правда, и свои минусы. Так, например, из-за крайней химической агрессивности КРТ, заправленную ракету можно было хранить не более месяца, потом она становилась непригодной к дальнейшей эксплуатации. Не спасал положение и слив КРТ, так как полностью промыть коммуникации ракеты в условиях строевых частей было невозможно.
Еще до начала массового развертывания ракет Р-12 с наземным стартом была начата разработка старта шахтного. Шахтный, или, как его иногда называют ракетчики, подземный старт, имел ряд преимуществ. Во-первых, ракеты были укрыты, а значит, лучше защищены от поражения противником. И, во-вторых, стоящие в шахтах ракеты можно было заранее навести и присоединить заправочные коммуникации. Таким образом экономилось время, необходимое для пуска. Для шахт была разработана ракета Р-12У (8К63У), имевшая некоторые конструктивные отличия. Внешне она узнаваема по отсутствию аэродинамических стабилизаторов.
Исходя из упомянутых выше, а также некоторых других особенностей была выбрана следующая структура. В едином стартовом комплексе объединялись четыре пусковых установки. Организационно они являлись ракетным дивизионом. То есть один дивизион это один стартовый комплекс. Каждая пусковая установка закреплялась за стартовой батареей, таким образом, в одном дивизионе было четыре стартовых батареи, которые по соседству располагались на стартовой позиции. В комплексе наземного старта, 8П863, имелось четыре наземных стартовых площадки, а в комплексе шахтного старта 8П763, было четыре ракетных шахты, размещаемые по углам прямоугольной площадки с размерами 70 на 80 метров. Кроме собственно пусковых устройств в комплекс входили средства транспортировки, заправки, управления, и т. д. Необходимость базирования по четыре батареи вместе причисляет Р-12 к комплексам группового старта. Называемым так в противовес комплексам отдельного старта, пусковые установки которых могут быть разнесены на значительные расстояния.
Дивизионы сводились в ракетные полки. При этом различные полки могли иметь различную структуру: в одном полку могли быть как шахтные, так и наземные комплексы. Были возможны следующие варианты:
1. Два дивизиона наземного пуска.
2. Три дивизиона наземного пуска.
3. Два дивизиона наземного, и один дивизион шахтного пуска.
Боекомплект каждой ракетной батареи обычно составлял две ракеты: для первого, и для второго пуска. После производства первого пуска ракетная батарея сразу же должна была приняться за предстартовую подготовку Р-12 второго пуска с тех же стартовых устройств. В дивизионе наземного старта ракеты первого и второго пусков находились в специальных хранилищах.
Ракеты первого пуска шахтного дивизиона находились в шахтах, а второго – в хранилище одного из наземных дивизионов полка. Для производства второго пуска шахтного дивизиона требовалось доставить ракеты, опустить их в шахты, и провести описанную выше предстартовую подготовку. В некоторых полках соседней 50-й армии некоторое время имелись ракеты и для третьего пуска.
Определенным преимуществом дивизиона наземного старта перед шахтным была возможность его передислокации, и даже рассредоточения стартовых батарей. Таким образом их можно было вывести из-под удара противника. При этом следует заметить, что возможность передислокации не делает комплекс 8П863 подвижным – это вынужденная мера, и в некотором роде техническая импровизация, для которой ни техника дивизиона, ни его организационно-штатная структура изначально не была рассчитана. Импровизация эта возникла в самом начале 80-х годов (80-81-й годы) в связи с развертыванием в Европе американских Першингов и томогавков, а также авиационных ударных комплексов в ядерном оснащении. Возникла необходимость вывода наших дивизионов РСМД из под первого удара в запасные позиционные районы (ЗПР) километров за 20 от стационарных стартов. Поэтому убрали второй пуск, а первый (и единственный) пуск дивизионы должны были делать из ЗПР, куда выходили заранее по команде с ЦКП РВСН.