Так. По порядку. Есть спецпрокуратура секретного п/я, есть Свердловская обл. прокуратура и есть Москва- Генпрокуратура СССР. Свердловск в подчинении у Москвы и с этим все вроде ясно. Не ясно с кем именно и как взаимодействовала спецпрокуратура П/я, которая по логике должна была приступить к делу сразу, до того как убрали обломки изделия. И зачем ей Свердловск, если она напрямую может информировать Москву.
Все спецпрокуратуры (по надзору за особорежимными объектами) подчинялись напрямую "Москве", независимо от их дислокации. Местным (территориальным) органам они не подчинялись. И о своих действиях местные органы они в известность не ставили. Все вопросы "с местными" решались "через Москву", даже если такая спецпрокуратура находилась в Свердловской области (а там их было несколько).
Получается так. Уголовное дело по техногенной аварии было возбуждено спецпрокуратурой, которая осуществляла надзор за "почтовым ящиком", который эту аварию произвёл. Возможно, это произошло еще до того, как были обнаружены трупы. После обнаружения трупов (поисковой командой, вылетающей на место падения "изделия"), на место происшествия должны были направить следователя этой прокуратуры (мог и сам прокурор вылететь) с экспертом одной из военных СМЛ- для осмотра места происшествия и осмотра трупов на месте происшествия.
Поскольку существовали ограничения, связанные с секретностью, трупы после их осмотра должны были оставить на месте происшествия- чтобы их "нашли" в результате официальных поисков, для того, чтобы всё "списать" на "несчастный случай при туризме".
А дело ( в зависимости от "уровня заинтересованности"- а это, судя по записке Бардина и Шулешко, был уровень ЦК КПСС) вполне могли передать для расследования следователю по особо важным делам при Генпрокуроре СССР. Что вполне соответствует тому, что известно на данный момент.
Гибель туристов в этом деле была, скорее всего, одним из второстепенных эпизодов. Но поскольку имелись по этому эпизоду 9 трупов, то следователю, который расследовал это дело, потребовались 9 заключений СМЭ (в подлинниках!), 9 постановлений о назначении СМЭ, а также некоторые другие материалы, которые позволяли произвести "привязку" происшествия к гибели оказавшихся в этом месте туристов. Например, протоколы допросов очевидцев вспышки взрыва из числа местных жителей, которую те наблюдали вечером 1 февраля 1959 года, и другие материалы. Напрямую собирать эти материалы было нельзя, это сразу же бы привело к рассекречиванию происшествия, потому оставался лишь один способ-следственные поручения в порядке ст.126 УПК.
Т.е. "Москва" дает задания Клинову (например, организовать проведение СМЭ и получить заключения СМЭ, не разглашая, для кого эти СМЭ проводятся, или- допросить очевидцев, наблюдавших вспышку и пр.), а Клинов силами подчиненных ему работников эти задания исполняет и высылает в Москву результаты.
А для создания видимости, что прокуратура подозревает "убийство", начинают "трясти" мансей и бывших уголовников. Для этого (а также -для оформления 9-ти трупов) создается по согласованию с Генпрокуратурой уголовное дело, которое (также по согласованию с Генпрокуратурой) нигде не регистрируется. В это дело и подшивается всё то, что Москве было не нужно. После того, как "дело без номера" исчерпало свои функции, его по указанию из Москвы прекращают. Иванов и Темпалов, безусловно, были "посвящены" во все вопросы, связанные с их "функциями". Ну а кто-то (например, Возрожденный, Чуркина) "использовались втёмную"- они обо всём этом наверняка не знали.
Вот и всё. Как видите, всё просто и логично. И вполне законно- в полном соответствии с требованиями УПК. И- никаких "непоняток".