Возможно, события развивались так:
После бессонной ночи супруги разругались (муж накануне угостил дочь чипсами, у нее разболелся живот – в результате никто не спал).
Елена звонит матери в 8:34 и под видом ночного кошмара рассказывает реальные слова мужа о том, что ни она не дети ему не нужны. Скорее всего делает это так чтобы он слышал, что естественно приводит его в ярость. После разговора он вырывает у нее телефон и разбивает (около 9:00 телефон выходит из сети по последним данным).
Решив проучить жену, забирает детей и увозит их своей родне.
Елена остается одна в квартире, без телефона. Думаю, ее естественным желанием в тот момент было поехать к родителям. Такси вызвать она не могла т. к. телефон был испорчен, поэтому, вероятно, она взяла какую-то наличность и пошла ловить попутку…
Происходило это, видимо, между 9:30 и 13:00, потому что в час приезжает муж за игрушками для детей (свидетели видели его выходящим с какими-то вещами в это время). Скорее всего он уже не застал Елену тогда в квартире. Вполне вероятно, что могла быть и записка типа «Меня не ищи…».
Звонить ей было бессмысленно, потому что он прекрасно знал, что телефон разбит. Думаю, он решил, что она поехала к родителям. Возможно, он или его родственники убедили себя будто бы родители Елены спрятали ее для того, чтобы его проучить или что-то в этом роде.
Не желая рассказывать про утренний скандал, разбитый телефон и о том, что забрал детей выдумывает историю про шопинг. Если информация про его биллинг верна (т. е. в три часа ни его ни детей дома не было), то, думаю, в полиции он уже давно рассказал, как все было на самом деле, но это никак не может помочь прояснить что случилось с Еленой после выхода из квартиры, поэтому и не разглашается.
Проверку на полиграфе муж проходит – прямого отношения непосредственно к исчезновению не имеет.