Приказ называется "Об усилении режима и охраны секретности в ракетных учреждениях и воинских частях". Предписывает "принимать немедленные меры к установлению мест падения остатков от ракетного и реактивного вооружения, их своевременному сбору, охране и доставке в места, отведенные для их хранения", "
во время испытаний и учебных стрельб". Испытания и учебные стрельбы ракетного и реактивного вооружения производились и производятся не абы где, а на испытательных и учебных полигонах, которые имели и имеют статус государственных учреждений и воинских частей. Так что никакого противоречия здесь нет. Как нет и не было полигонов (любых) в районе Отортена.
Ежели остатки ракетного вооружения упали за пределами полигона, и нет технической возможности или целесообразности их вывоза из района падения, то принимались меры к их уничтожению (в том числе описанным Вами способом - подрывом заряда взрывчатки). Уничтожению остатков ракет, а не, упаси Господи, местного населения или свидетелей падения, или нашедших эти остатки.